Протестите от октомври миналата година са в основата на спора между бившия здравен министър Таня Андреева и шефа на "Пирогов" проф. Стоян Миланов. Това мнение изрази самият той пред Нова тв.Тогава служителите на „Пирогов” излязоха на протест заради споразумението, което трябваше да подпишат със Здравната каса. В него имаше точки за отложени плащания и болнични лимити.Според директора на болницата намаленият бюджет на "Пирогов” е наказателна акция за протестите от октомври.Миналата седмица стана ясно, че бившият здравен министър Таня Андреева от кабинета "Орешарски" е уволнила проф. Миланов минути преди нейното правителството да депозира оставката си в Народното събрание. Впоследствие Андреева мотивира действията си с лошото финансово състояние на клиниката и множеството сигнали и оплаквания от пациентите. Новият министър на здравеопазването д-р Мирослав Ненков обаче стопира уволнението на шефа на "Пирогов" проф. Стоян Миланов.Според професора обвиненията за лошо финансово управление на болницата са безпочвени.„Ако погледнете годишния финансов отчет, ще видите, че размерът на загубата се равнява на намалелите от страна на Министерството на здравеопазването постъпления към болницата”, заяви проф. Миланов.„След като служителите на „Пирогов” протестираха, своеобразно бяхме наказани. Беше назначена мащабна проверка от изпълнителна агенция „Медицински одит”, която излезе с дребни констатации. Това беше наказателна акция”, смята проф. Миланов.Що се отнася до въпроса за далавери при обществените поръчки, проф. Миланов заяви, че не изпълнява партийни обществени поръчки. Той обаче отхвърли да е имало такива опити.